Relatório Carga Fapesp / 2016

Emissão: 05/02/2018 18:13:11

DGM - DEPARTAMENTO DE GENETICA MEDICA

Projeto Alterado

Nome Projeto DESENVOLVIMENTO E OTIMIZACAO DE PROTOCOLOS E FERRAMENTAS EM BIOINFORMATICA ATRAVES DE TECNICAS DE COMPUTACAO DE ALTO DESEMPENHO PARA USO NO PROCESSAMENTO DE DADOS BIOLOGICOS DE LARGA ESCALA Suplemento: DR - Wélliton de Souza - fim 06/2019 Tipo Projeto: Pesquisa Básica Situação Projeto: Em Andamento Data Início Projeto: 11/2016 Ano Fim Projeto: 2019 Tipo Envolvimento Contrato: Individual Descrição Projeto O sequenciamento de alto rendimento tornou-se a principal ferramenta para estudos genéticos nos últimos 5 anos. Com o barateamento da tecnologia de sequenciamento, novos investimentos estão sendo realizados em projetos de grandes proporções. O aumento exponencial do volume de dados de sequenciamento gerou novos desafios para a computação. A área da computação de alto desempenho propõe soluções capazes de processar grandes volumes de dados em tempos reduzidos. Com a evolução dessa área, novas arquiteturas, como a computação em nuvem e a computação heterogênea, surgiram. A computação em nuvem busca tirar vantagens da conectividade com a internet para fornecer serviços de baixo custo. A computação heterogênea, por sua vez, combina computadores de alto desempenho com dispositivos especializados em processar rapidamente grandes volumes de dados. Para obter os benefícios dessas novas soluções na área de bioinformática, é necessário desenvolver ferramentas e protocolos otimizados para novas a Linha Pesquisa: Genética Clínica. Instituições Nome: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo Tipo do Financiamento: Bolsa Doutorado DR Nº Processo na Financiadora: 2016/04204-8 Data Início Financiamento: 11/2016 Data Fim Financiamento: 06/2019 Valor do Financiamento: R$ 144.347,09 Complemento do Tipo Financiamento: BOLSA NO PAIS-DR-II Órgãos (FCM) DGM - DEPARTAMENTO DE GENETICA MEDICA [02.12.00.00.00.00.00] Equipes Projeto Wélliton de Souza( Participante ) Íscia Teresinha Lopes Cendes( Responsável )

Projeto Alterado

Nome Projeto: APLICACAO DE TECNICAS AVANCADAS DE BIOLOGIA COMPUTACIONAL PARA A ANALISE DE DADOS GENOMICOS Suplemento: Pos-Doc. Maíra Ribeiro Rodrigues - fim 06/2018 Tipo Projeto: Pesquisa Básica Situação Projeto: Em Andamento Data Início Projeto: 05/2017 Ano Fim Projeto: 2018 Tipo Envolvimento Contrato: Individual Descrição Projeto A disponibilidade de tecnologias de nova geração para sequenciamento de moléculas de DNA e RNA permite a compreensão de eventos biológicos complexos. Esta característica impulsiona a utilização de tais técnicas em pesquisas biomédicas e, mais recentemente, motiva suas aplicações no contexto clínico. Os equipamentos utilizados no sequenciamento geram volumes de dados cada vez maiores e apenas o uso adequado de técnicas computacionais avançadas permite a visualização e interpretação apropriadas destas fontes de dados em face dos fenótipos de interesse. O objetivo principal desta proposta é desenvolver e aprimorar os aspectos algorítmicos e metodológicos da Biologia Computacional e Bioestatística, no contexto de análise de dados de sequenciamento de alto desempenho , afim de facilitar a compreensão de eventos biológicos complexos, em particular, mecanismos moleculares envolvidos na epilepsia e no acidente vascular cerebral Linha Pesquisa: Genética Clínica. Instituições Nome: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo Tipo do Financiamento: Bolsa Pos doutorado no país PD Nº Processo na Financiadora: 2016/26173-7 Data Início Financiamento: 05/2017 Data Fim Financiamento: 10/2018 Valor do Financiamento: R$ 148.770,12 Complemento do Tipo Financiamento: BOLSA NO PAIS-PD Órgãos (FCM) DGM - DEPARTAMENTO DE GENETICA MEDICA [02.12.00.00.00.00.00] Equipes Projeto MAIRA RIBEIRO RODRIGUES( Participante ) Íscia Teresinha Lopes Cendes( Responsável )

Projeto Alterado

Nome Projeto: ANALISE PROTEOMICA QUANTITATIVA DE TECIDO NEURONAL OBTIDO DE PACIENTES E MODELOS ANIMAIS DE EPILEPSIA Suplemento: PD - Barbara Henning Silva - fim 06/2018 Tipo Projeto: Pesquisa Básica Situação Projeto: Em Andamento Data Início Projeto: 11/2016 Ano Fim Projeto: 2018 Tipo Envolvimento Contrato: Individual Descrição Projeto A quantificação e comparação do perfil proteico entre organismos saudáveis e doentes pode revelar mecanismos moleculares potencialmente causadores de doenças. Técnicas de identificação e quantificação de proteínas em tecidos biológicos, como a espectrometria de massa, têm evoluído rapidamente e, consequentemente, tem sido produzidos conjuntos de dados cada vez maiores e mais complexos. O objetivo principal do projeto e´ desenvolver e aplicar ferramentas de análise proteômica em tecido de modelos animais e material cirúrgico obtido de pacientes com epilepsia. Especificamente pretendemos: i) realizar a análise da expressão proteica comparativa para identificar e anotar proteínas cuja expressão é alterada em indivíduos afetados, quando comparados a indivíduos saudáveis; ii) Disponibilizar publicamente ferramentas desenvolvidas ao longo da execução do projeto, por meio de iniciativas abertas como o Projeto Biocondutor. (AU) Linha Pesquisa: Genética Clínica. Instituições Nome: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo Tipo do Financiamento: Bolsa Pos doutorado no país PD Nº Processo na Financiadora: 2016/19484-6 Data Início Financiamento: 11/2016 Data Fim Financiamento: 06/2018 Valor do Financiamento: R$ 163.827,51 Complemento do Tipo Financiamento: BOLSA NO PAIS-PD Órgãos (FCM) DGM - DEPARTAMENTO DE GENETICA MEDICA [02.12.00.00.00.00.00] Equipes Projeto Barbara Henning Silva( Participante ) Íscia Teresinha Lopes Cendes( Responsável )

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