A Unicamp conta com uma estrututa de centros e núcleos, que constituem autênticos braços da instituição. São unidades de referência internacional e alguns formulam políticas adotadas no país.
Existem centros e núcleos interdisciplinares, subordinados à Cocen e os vinculados às Pró-Reitorias e Unidades de Ensino.
Centros e Núcleos ligados à Cocen
CBMEG - Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética
CCS - Centro de Componentes Semicondutores
CEB - Centro de Engenharia Biomédica
Cemib - Centro Multidisciplinar para Investigação Biológica
Cepagri - Centro de Ensino e Pesquisa em Agricultura
Cepetro - Centro de Estudos de Petróleo
Cesop - Centro de Estudos de Opinião Pública
Ciddic - Centro de Integração, Documentação e Difusão Cultural
CLE - Centro de Lógica, Epistemologia e História da Ciência
CMU - Centro de Memória da Unicamp
CPQBA - Centro de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas
Lume - Núcleo Interdisciplinar de Pesquisas Teatrais
NEE - Núcleo de Estudos Estratégicos
Nepa - Núcleo de Estudos e Pesquisas em Alimentação
Nepam - Núcleo de Estudos e Pesquisas Ambientais
Nepo - Núcleo de Estudos de População
Nepp - Núcleo de Estudos de Políticas Públicas
Nidic - Núcleo de Integração e Difusão Cultural
Nics - Núcleo Interdisciplinar de Comunicação Sonora
Nied - Núcleo Interdisciplinar de Informática Aplicada à Educação
Nipe - Núcleo Interdisciplinar de Planejamento Energético
Nudecri - Núcleo de Desenvolvimento da Criatividade
Pagu - Núcleo de Estudos de Gênero
Centros e Núcleos ligados a Faculdades, Institutos ou Pró-Reitorias
Caism - Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher
CCI - Centro de Controle de Intoxicações
CCUEC - Centro de Computação
Cecult - Centro de Pesquisas em História Social da Cultura
Cedae - Centro de Documentação Cultural "Alexandre Eulálio"
Cede - Centro de Estudos de Desenvolvimento Econômico
CEL - Centro de Ensino de Línguas
Cemarx - Centro de Estudos Marxistas
Cemeq - Centro para Manutenção de Equipamentos
Cemi - Centro de Estudos em Migração Internacionais
Cenapad - Centro de Nacional de Alto Desempenho em São Paulo
Ceri - Centro de Estudos de Relações Econômicas Internacionais
Cesit - Centro de Estudos de Economia Sindical e do Trabalho
CHAA - Centro de História da Arte e Arqueologia
Ciec - Centro Interdisciplinar de Estudos da Cidade
Cipoi - Centro Integrado de Pesquisas Onco-Hematológicas na Infância
CPA - Centro do Pensamento Antigo
CT - Centro de Tecnologia
Hemocentro - Centro de Hematologia e Hemoterapia
Gastrocentro - Centro de Diagnóstico de Doenças do Aparelho Digestivo
Laborarte - Laboratório de Estudos sobre Ensino de Arte
NEA - Núcleo de Economia Agrícola
Neape - Núcleo de Estudos Avançados em Psicologia do Envelhecimento
Neit - Núcleo de Economia Industrial e da Tecnologia
Nesur - Núcleo de Economia Social, Urbana e Regional
NMCE - Núcleo de Medicina e Cirurgia Experimental - NMCE